A história das ferrovias e suas estações em nossas cidades antecedem em muito a criação do 2º Batalhão Ferroviário – Batalhão Mauá em 1938 ou da construção da estrada de ferro até o porto de São Francisco do Sul em 1913, ela começa no final do século XIX, entre 1891 e 1894 com a implantação de um ramal, na linha férrea que ligava Curitiba à Ponta Grossa, em direção ao rio Negro.

O ramal, que não partia diretamente da Capital e sim à meio caminho dos campos gerais, passou a contar, antes de entrar em território rionegrense, com estações na Lapa, em Lavrinha e no Rio da Várzea, a partir da onde, foram erguidas as estações de Campo do Tenente (então distrito de Rio Negro), Roseira (localidade hoje margeada pela BR 116) e finalmente a Estação de Rio Negro.

Foi em 20 de janeiro de 1895, com a inauguração daquele trecho, que o apito da Maria-Fumaça ecoou pela primeira vez em riomafra, passando os trens a representar não somente um meio de transporte mais confortável e ágil até as maiores cidades do Paraná (ou além delas), como constituindo-se em importantíssimo impulso ao comércio de erva-mate e madeira na região, o que poria fim a era dos cavalos e carroças.

Menos de 20 anos depois, em 1913, a ferrovia que ligava o Porto de São Francisco à Joinville e Corupá foi prolongada até Três Barras (seguindo posteriormente até Porto União), fazendo entroncamento com o ramal de Rio Negro, mas pelo outro lado do rio, fato que levou a administração da ferrovia a mudar a localização da estação de Rio Negro, do centro para o bairro imediatamente à margem ao sul do rio (que se tornaria território mafrense anos mais tarde).

A decisão gerou protestos locais contra a conseqüente desativação da antiga estação, o que acabou gerando uma situação inusitada, a cidade passou a ter duas estações ferroviárias, “a velha e a nova”, próximas uma da outra, cujo curto trecho ainda pode ser observado parcialmente, pela ponte seca e a ponte sobre o rio (ambas metálicas), existentes junto à praça Rubens Dias da Silva, o calçadão da Vila paraíso. Em 1917, com a definição das fronteiras entre os Estados do Paraná e Santa Catarina, a estação da margem esquerda passou a pertencer ao recém criado município de Mafra.

Novo incremento à rede ferroviária existente em riomafra deu-se a partir do final da década de 1930, com a construção, pelo 2º Batalhão Ferroviário, do trecho Mafra-Lages do Tronco Principal Sul. Para instalação dessa unidade do Exército, em 1938 a superintendência da Viação Férrea Paraná – Santa Catarina – VFPSC, cedeu a área vizinha à estação de Rio Negro para a construção da sede do Batalhão Mauá (atualmente aquartelamento do 5°RCC), o que fez com que os trilhos, logo depois de saírem do pátio da estação, passassem por dentro do quartel.

Nos anos 60 o antigo ramal do Rio Negro foi remodelado em quase toda sua extensão, sendo seu traçado alterando, deslocando-se a estrada de ferro para oeste da linha original, o que ocasionou além da desativação das estações de Campo do Tenente e Roseira, a mudança da estação de Rio Negro, para que dessa forma, acompanhasse o novo traçado. Assim a antiga estação foi demolida e uma nova construída no outro lado da cidade, em local que ficou conhecido por “Estação Nova”.

A proximidade entre as estações de Rio Negro e Mafra e a contínua centralização de serviços na estação catarinense fez com que a estação rionegrense fosse aos poucos abandonada até ser totalmente demolida para a realização de obras de ampliação do pátio de manobras da Rede Ferroviária Federal nos anos 1980.

Assim a estação de Mafra, tornou-se a única sobrevivente das estações da antiga sede municipal de Rio Negro, podendo seu prédio ser visto até os dias de hoje, não mais com sua estrutura original de madeira, mas em alvenaria, fruto de reformas realizadas a cerca de 40 anos.